办公室

处理厅机关日常政务，负责有关重要会议的组织和有关报告、文件以及审计机关管理制度的起草，负责厅务会、厅长办公会的会务、记录和会议纪要的整理工作；编制审计工作规划、年度工作计划，划分厅机关、派出审计机构的审计范围，负责审计统计工作；负责宣传、信息、新闻发布和机关文电处理、保密、信访、档案管理等工作，编写《大事记》；负责厅机关财务工作，管理审计事业经费，对厅机关所属单位的财务收支进行审计监督；承办举报中心的有关工作。

法制处

负责地方性审计法规、规范性文件的起草及修改和报批工作，办理省政府和国家审计署行政法规、规章草案征求意见方面的工作；组织对市、州、县（市、区）审计机关的审计业务质量监督检查；审核与复核厅机关业务处和派出审计机构的审计意见书和审计决定书、审计处罚决定书、审计建议书；受理审计行政复议和应诉工作；对厅机关和派出审计机构审计业务质量进行抽查；指导对内部审计的监督，监督社会审计组织的审计业务质量；组织实施审计普法教育；指导全省审计系统的法制工作。

财政审计处

拟定省本级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责对省本级预算执行情况和决算、省地方税务局系统税收征管情况以及预算外资金进行审计；负责对下级政府的财政预算执行情况和决算进行审计；负责对省财政厅、省地税局机关及其直属单位的财务收支进行审计；组织财税系统行业审计或专项审计调查；指导全省的财政审计业务。

金融与社会保障审计处

按照审计署的授权，组织全省审计机关完成对国有金融机构的审计任务；负责审计地方金融机构及其直属单位的资产、负债、损益状况；对省政府及有关部门批准发行的证券、社会募集资金进行审计监督；负责审计省政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计由省政府主管部门管理和受省政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业、房改等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优扶安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计市、州政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；组织专项审计或审计调查；指导全省金融和社会保障审计业务。

行政事业审计处

负责审计与省级财政有拨缴款关系的省委机关、省人大机关、省政府机关、省政协机关、省法院机关、省检察院机关和民主党派、社会团体及其下属单位的财政财务收支；负责审计分工范围内的省委、省政府有关部门和直属事业单位及其下属单位的财政财务收支；组织专项审计或审计调查；指导全省行政事业审计业务。

经贸审计处

负责对分工范围内的省属国有企业或省政府规定的国有资产占控股地位或主导地位的工交、商贸企业及其下属单位的资产、负债、损益及财务收支的审计监督；组织专项审计或审计调查；指导全省经贸审计业务。

农业与资源环保审计处

负责对分工范围内的省政府有关部门及其下属单位的财务收支的审计监督；负责审计由省政府主管部门管理和受省政府委托由社会团体管理的农林水利、扶贫开发、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；负责审计市、州政府管理的农林水利、扶贫开发、资源环保资金的筹集、管理和使用情况；组织专项审计或审计调查；指导全省农业与资源环保审计业务。

固定资产投资审计处

根据有关法律、法规和省政府有关规定，对省属建设项目的概预算执行、决算以及资金来源和资金使用情况进行审计监督；负责审计省直各部门管理的固定资产投资、施工企业的财务收支；组织专项审计或审计调查；指导全省固定资产投资审计业务。

外资运用审计处

按照国家审计署的授权，组织全省审计机关完成国际组织和外国政府贷款、援助的赠款项目的财务收支审计工作；负责对境外机构、企业和投资项目的审计监督；开展专项审计或审计调查；指导全省外资运用审计业务。

经济责任审计处

依据有关规定负责对省直各部门、省属企事业单位以及政党组织、社会团体的领导干部的任期经济责任审计；负责对市（州）党政领导干部的任期经济责任审计；指导全省党政领导干部任期经济责任审计业务。

人事教育处

负责办理厅机关及其直属单位和派出审计机构的机构编制、干部任免、人员调配、工资福利、考核奖惩、教育培训、专业技术职称考评和人事档案管理等有关工作；负责厅机关双文明目标管理、考核和全省性的表彰工作；协助市（州）管理本级审计机关负责人；组织和指导全省审计系统的教育培训和精神文明建设；负责厅党组会议的会务、记录和会议纪要的整理工作；负责与民主党派的联系以及聘请特约审计员的工作。

机关党委

负责厅机关及其直属单位、派出审计机构的党群工作。

其他部门

纪检<监察>机构按有关规定设置，人员编制在厅机关行政编制总额内单列（属省纪委、监察厅派驻省审计厅机构）。离退休人员管理服务机构编制实行单列，属于行政性质，管理人员实行公务员制度。机关后勤服务中心编制暂维持现状。设置的12个派出审计机构，每个派出审计机构审计一个或几个省政府组成部门、省政府直属单位及其下属单位的财务收支。